في أعقاب ثورة 30 يونيو 2013، التي خرج فيها ملايين المصريين للمطالبة بإنهاء نظام الحكم، شهدت البلاد موجة من العنف الطائفي استهدفت عشرات الكنائس والمنشآت المسيحية، خاصة في صعيد مصر وبعض المحافظات الكبرى، وقد تركزت هذه الاعتداءات بشكل خاص في شهر أغسطس 2013، عقب فض اعتصامي رابعة العدوية والنهضة، حيث استخدمت الجماعات المتطرفة ملف الفتنة الطائفية كوسيلة للضغط السياسي والانتقام.

وبحسب تقارير حقوقية محلية ودولية، فقد تعرضت ما لا يقل عن 80 منشأة كنسية للاعتداء خلال فترة وجيزة، بينها نحو 45 كنيسة أُحرقت بالكامل، وأكثر من 20 كنيسة نُهبت أو تضررت جزئيًا، إلى جانب مدارس ومنازل تابعة لرجال الدين المسيحي، وقد وثّقت منظمات مثل المبادرة المصرية للحقوق الشخصية، وهيومن رايتس ووتش، وبيانات صادرة عن الكنيسة الأرثوذكسية، هذه الأرقام بدقة في ذلك الوقت.

وكانت محافظة المنيا من بين أكثر المحافظات تضررًا، حيث سُجل بها وحدها حرق أو تدمير أكثر من 22 كنيسة ومبنى كنسي، تلتها محافظات الفيوم، سوهاج، أسيوط، القاهرة، والإسكندرية، كما لم تسلم الجمعيات الخيرية القبطية والمدارس التابعة للكنائس من هذا الهجوم، حيث أُحرقت أو أُغلقت أكثر من 10 مؤسسات خدمية وتعليمية مسيحية.

وعلى الرغم من هذا التصعيد، اتسمت مواقف الكنيسة المصرية، وعلى رأسها قداسة البابا تواضروس الثاني، بضبط النفس والدعوة إلى الوحدة الوطنية، وكان أبرز تصريح لقداسته في تلك الفترة، والذي أصبح رمزًا للتلاحم الوطني، قوله: "لو حرقوا الكنائس هنصلي في المساجد، ولو حرقوا المساجد هنصلي في الشارع"، في إشارة قوية إلى أن العبادة لا يمكن أن تُقيد بجدران أو أبنية، بل هي فعل إيماني لا يُقهر.

كما شدد البابا تواضروس الثاني مرارًا على دعم الدولة في مواجهة الإرهاب، وأكد في أكثر من مناسبة أن ما جرى بعد 30 يونيو هو إرادة شعبية حقيقية لإنقاذ مصر من الانقسام والتفكك، داعيًا إلى عدم الانجرار وراء الفتن أو الاستجابة للاستفزازات الطائفية.

في السنوات التالية، أطلقت الدولة المصرية خطة شاملة لإعادة ترميم الكنائس المتضررة، بإشراف الهيئة الهندسية للقوات المسلحة. وتشير التقديرات الرسمية إلى أنه تم بالفعل ترميم أكثر من 50 كنيسة حتى عام 2018، فيما لا تزال بعض الكنائس الأخرى قيد الترميم أو الإعمار.