اقرت لجنة الشئون الدستورية والتشريعية بمجلس النواب النصوص القانونية المنظمة لإجراءات التحقيق والمحاكمة للمتهمين المصابون  بأمراض عقلية ونفسية  بقانون الإجراءات الجنائية الجديد حيث جاءت النصوص في الفصل الثالث عشر، كالتالي: 

المادة (339)

إذا استلزم التحقيق في جناية أو جنحة معاقب عليها بالحبس مدة لا تقل عن سنة فحص حالة الاضطراب النفسي أو العقلي للمتهم، ومدى تأثيرها على إدراكه، واختياره، تعين عرض الأوراق والمتهم بناء على طلب النيابة العامة أو قاضي التحقيق بحسب الأحوال على محكمة الجنح المستأنفة منعقدة في غرفة المشورة، للأمر بإيداع المتهم تحت الملاحظة في إحدى منشآت الصحة النفسية الحكومية، والتي يصدر بتحديدها قرار من المجلس القومي للصحة النفسية لمدة أو مدد لا يزيد مجموعها عن خمسة وأربعين يوماً، وتكليف المجلس الإقليمي للصحة النفسية المختص بانتداب لجنة ثلاثية من الأطباء النفسيين المقيدين لديه لفحصه، وإعداد تقرير طبي يتضمن تقييماً لحالته النفسية والمرضية وقت ارتكاب الجريمة، ووقت إجراء التقييم والخطة العلاجية المقترحة، حال ثبوت إصابته بالمرض النفسي أو العقلي.

ويجوز للمحكمة تجديد مدة الإيداع تحت الملاحظة لمدة أو مدد أخرى بناء على طلب المجلس الإقليمي للصحة النفسية المختص على ألا يزيد مجموع مدة الإيداع في جميع الأحوال بالمنشأة عن ثلاثة أشهر.

مادة (340):
يجوز للنيابة العامة والمتهم ولكل ذي شأن استئناف أمر الإيداع تحت الملاحظة المشار إليه في المادة (۳۳۹) من هذا القانون أو قرار رفض إصداره أو مد مدته بموجب تقرير استئناف يودع لدى النيابة المختصة خلال أربع وعشرين ساعة من تاريخ صدوره وينظر الاستئناف أمام محكمة جنايات أول درجة منعقدة في غرفة المشورة، وتفصل فيه خلال اثنتين وسبعين ساعة على الأكثر من تاريخ التقرير به، ويبدأ تنفيذ الأمر من تاريخ فوات المدة المقررة للاستئناف أو الفصل فيه من المحكمة.

ويعتبر أمر الإيداع المشار إليه بمثابة أمر حبس احتياطي يتعين خصم مدته من مدة العقوبة المقضي بها على المتهم إذا ثبتت سلامته من أي اضطراب نفسي أو عقلي، وينتهي الأمر بقوة القانون بانتهاء مدته دون تجديده أو من اليوم التالي لإخطار النيابة المختصة أو قاضي التحقيق بحسب الأحوال بإعداد التقرير الطبي النفسي الخاص بالمتهم، قبل انتهاء المدة المحددة للحجز، ويتعين على النيابة المختصة أو قاضي التحقيق الأمر بإيداع المتهم مؤقتاً بإحدى منشآت الصحة النفسية الحكومية، والتي يصدر بتحديدها قرار من المجلس القومي للصحة النفسية إذا ثبت إصابته بالمرض النفسي أو العقلي دون حضوره لحين التصرف في الأوراق أو حبسه احتياطياً أو مد حبسه احتياطياً وفقاً لأحكام الحبس الاحتياطي المنصوص عليها في هذا القانون أو الإفراج عنه، إذا ثبت سلامته من أي اضطراب نفسي أو عقلي.

ويكون إصدار الأمر المشار إليه في المادة ۳۳۹ من هذا القانون للمحكمة المنظورة أمامها الدعوى، بعد سماع أقوال النيابة العامة والمدافع عن المتهم.

مادة (٣٤١):
يجوز للنيابة العامة في الجنح المعاقب عليها بالغرامة وحدها أو الحبس الذي تقل مدته عن سنة واحدة، وفي المخالفات ندب أحد الأطباء النفسيين المقيدين بسجلات المجلس الإقليمي للصحة النفسية لفحص المتهم، وتقرير ما إذا كانت حالته تستدعي الدخول الإلزامي لإحدى منشآت الصحة النفسية خلال مدة لا تزيد عن ثمان وأربعين ساعة، فإذا ثبت إصابة المتهم باضطراب نفسي أو عقلي تأمر النيابة العامة بنقله إلى إحدى منشآت الصحة النفسية، واتخاذ إجراءات دخوله وعلاجه الزاماً وفقاً للضوابط الواردة في قانون رعاية المريض النفسي الصادر بالقانون رقم ۷۱ لسنة ۲۰۰۹ ، ويتم التصرف في الأوراق في ضوء ذلك.

مادة (٣٤٢):

إذا ثبت من التقرير الطبي النفسي أن المتهم غير قادر على الدفاع عن نفسه، بسبب اضطراب نفسي أو
عقلي، طراً بعد وقوع الجريمة، يوقف رفع الدعوى عليه أو محاكمته حتى يعود إليه رشده.

ويجوز في هذه الحالة لمحكمة الجنح المستأنفة منعقدة في غرفة المشورة بناء على طلب النيابة العامة أو قاضي التحقق بحسب الأحوال، أو المحكمة المنظورة أمامها الدعوى، إذا كانت الواقعة جنائية أو جنحة عقوبتها الحبس مدة لا تقل عن سنة إصدار الأمر بإيداع المتهم في إحدى منشآت الصحة النفسية الحكومية، والتي يصدر بتحديدها قرار من المجلس القومي للصحة النفسية، لتلقي العلاج والرعاية الطبية إلى أن يتقرر إخلاء سبيله، وفي جميع الأحوال تخصم مدة الإيداع من مدة العقوبة التي يقضي بها.

مادة (٣٤٣):
لا يحول إيقاف الدعوى الجنائية لإصابة المتهم بالمرض النفسي أو العقلي دون اتخاذ إجراءات التحقيق التي يرى أنها مستعجلة أو لازمة.

مادة (٣٤٤):

إذا ثبت من التقرير الطبي النفسي أن المتهم يعاني من اضطراب نفسي أو عقلي أدى إلى إنقاص إدراكه أو اختياره دون أن يفقده، يجوز للمحكمة أن تقضي بقيام المحكوم عليه بتنفيذ العقوبة المقضي بها في إحدى منشآت الصحة النفسية الحكومية التي يصدر بتحديدها قرار من المجلس القومي للصحة النفسية لتلقي العلاج والرعاية اللازمة.

وفي جميع الأحوال، لا يجوز إيداع المتهم أو المحكوم عليه بمراكز الإصلاح والتأهيل العمومية أو مراكز الإصلاح الجغرافية متى ثبت إصابته باضطراب نفسي أو عقلي أفقده القدرة على الإدراك أو الاختيار أو انقص من هذه القدرة أو توافرت في شأنه إحدى حالات الدخول الإلزامي المنصوص عليها بقانون رعاية المريض النفسي المشار إليه حتى يبرأ منه.

مادة (٣٤٥):

إذا صدر أمر بأن لا وجه لإقامة الدعوى أو حكم ببراءة المتهم، وكان ذلك بسبب اضطراب نفسي أو عقلي، تأمر الجهة التي أصدرت الأمر أو الحكم إذا كانت الواقعة جناية أو جنحة عقوبتها الحبس مدة لا تقل عن سنة بإيداعه في إحدى منشآت الصحة النفسية الحكومية التي يصدر بتحديدها قرار من المجلس القومي للصحة النفسية، ويكون الإفراج عنه أو الأمر بمعاملته باعتباره مريضاً وفقاً لأحكام الدخول الإلزامي أو نقله لأية جهة أخرى عند ثبوت استقرار حالته النفسية، مع استمرار حاجته للرعاية أو تلقي العلاج أو الدعم النفسي من الجهة التي أصدرت الأمر أو الحكم، بناء على توصية من اللجنة المشكلة بقرار من المجلس القومي للصحة النفسية لفحص المودعين، على أنه في الجنايات المعاقب عليها بعقوبة الإعدام والسجن المؤبد لا يجوز الإفراج عن المتهم إلا بعد صدور توصيتين على الأقل من اللجنة سالفة البيان يفصل بينهما مدة ثلاثة أشهر على الأقل.